La Lituanie tombe sous la coupe de l'URSS en juin 1940. Le Parlement, élu à la suite d'élections fictives, proclame « la République soviétique de Lituanie ». Le pays endura une période souvent qualifiée d'occupation, pendant laquelle les Lituaniens subirent les répressions staliniennes ainsi que des déportations massives vers la Sibérie et une forte immigration russe, ce afin de dissoudre le sentiment national lituanien et ainsi de mieux contrôler le pays. Sous le communisme, le pouvoir de l'État échappait à toute surveillance de la part des pouvoirs judiciaire, exécutif et législatif et ses décisions ne pouvaient pas être contestées. Le nationalisme lituanien profita de la Perestroïka pour reprendre de la vigueur au milieu des années 1980.
En 1988, sous la Présidence de Michaël Gorbatchev et de sa politique de glasnost (transparence), le mouvement Sajüdis ayant à sa tête Vitautas Landsbergis mène une action virulente d'opposition au régime soviétique. Le 23 août 1989, la Lituanie, la Lettonie et l’Estonie créent une chaîne humaine de cinq cent soixante kilomètres pour manifester leur souhait d’indépendance. En 1990, un soulèvement général de la population arrête les chars soviétiques, qui avaient pris position dans la capitale. Sajüdis obtient la majorité dans le Parlement élu en 1990, qui proclame la même année la souveraineté de la république de Lituanie.
Le 19 Mars 1990, le Conseil suprême vote la restauration de l’Indépendance. La Constitution de 1938 est remise en vigueur. Le pays ne fait plus partie de l'U.R.S.S. Cette dernière essaie dans un premier temps de s'y opposer par des sanctions économiques. Vitautas Landbergis, devient le premier Président du parlement, mais différents partis font valoir leurs projets et Vitautas Landbergis est écarté.
Le gouvernement soviétique ne reconnaît l’indépendance de la Lituanie que le 6 septembre 1991, soit juste après la chute du régime communisme. Les troupes russes quittent définitivement le territoire lituanien pendant l'été 1993.
